Xiamen was vanaf de 12e eeuw een welvarend centrum voor rijstbouw. In de 16e eeuw verschenen eerst de Portugezen en daarna (vanuit Manilla) de Spanjaarden in de stad. Zij kochten er vooral ruwe zijde. In 1604 probeerden de Nederlanders in Xiamen een handelspost te vestigen, maar dat lukte niet en de VOC week uit naar Taiwan. In 1644 werd de Ming-dynastie door de Manzu's van de Qing omvergeworpen. Maar Xiamen en andere delen van Fujian bleven onder generaal Zheng Chenggong (Koxinga) trouw aan de Ming. Koxinga verdreef ook de Nederlanders van Taiwan. Na zijn dood in 1663 kwam Xiamen onder Qing-gezag.
Mede door deze langdurige en turbulente oorlogsjaren zijn veel inwoners van Xiamen en omgeving gevlucht, en vestigden zich in o.a. Taiwan, Singapore en Indonesië. In 1842 werd Xiamen na een afgedwongen verdrag een 'open haven', waardoor Westerlingen zich er (op Gulangyu) konden vestigen en dat is nog altijd zichtbaar in de architectuur.
In 1949 vluchtte Chiang Kaishek naar Taiwan, maar hij stationeerde ook troepen op de vlakbij Xiamen gelegen eilandjes Quemoy en Matsu. Hierom ontstond in de vijftiger jaren bijna een oorlog tussen de Volksrepubliek en Taiwan (en de USA). De situatie met deze eilandjes bestaat nog altijd.
De band met vele Overzeese Chinezen is ook altijd bepalend geweest voor Xiamen. In de vijftiger en zestiger jaren van de vorige eeuw werden Chinezen vervolgd in sommige landen (waaronder Indonesië) en sommigen keerden terug naar China. Na 1980 toen China zich steeds meer opende kwam er een nieuwe terugkeergolf die nog steeds voortduurt, ditmaal van gepensioneerde Overzeese Chinezen die zich vestigen op de plek die hun voorvaderen soms wel vijf of zes generaties geleden hebben verlaten.
De connectie met buiten heeft Xiamen altijd een open karakter gegeven en ook hebben de investeringen van buiten Xiamen behoorlijk welvarend gemaakt. De goede universiteiten zorgden altijd al voor een goed geschoolde bevolking en de investeringen door i.h.b. Chinezen uit Zuidoost-Azië en Taiwan in een Speciale Economische Zone versnelden de economische ontwikkeling.